Điều này chứng tỏ mặc dù Chính phủ đã đưa ra nhiều giải pháp hỗ trợ, giảm, giãn thuế giúp DN trong suốt 1 năm qua, song  trên thực tế, khó khăn vẫn tiếp tục “bủa vây” DN từ nhiều phía.

Tại Hội nghị đối thoại với DN về thuế và hải quan do VCCI và Bộ Tài chính phối hợp tổ chức tại Hà Nội, Thứ trưởng Đỗ Hoàng Anh Tuấn cho biết: Tính đến hết tháng 9-2013, có tới 66% DN trong số khoảng 450 nghìn DN đang hoạt động làm ăn không có lãi. Tỷ lệ DN không có lãi và thua lỗ lớn đã làm ảnh hưởng đến việc thu ngân sách nhà nước (NSNN). Cụ thể, trong cơ cấu nguồn thu NS hiện nay, mặc dù nguồn thu ngoài quốc doanh tăng 18% so với năm ngoái, khu vực DN FDI nộp thuế tăng 30%, song thu NSNN khu vực DN Nhà nước chỉ bằng 98% so với năm trước. Trong đó, đáng chú ý là nguồn thu từ toàn bộ 69 ngân hàng thương mại hiện nay chỉ đạt 86%, tức là giảm 14% so với cùng kỳ năm trước.

Ngoài việc tỷ lệ DN làm ăn thua lỗ vẫn còn cao (chiếm 66% DN đang hoạt động) thì thực trạng “lỗ giả lãi thật” của nhiều DN, đặc biệt khối DN FDI trong thời gian qua cũng là nguyên nhân dẫn đến việc thất thu NSNN. Theo kết quả kiểm tra mới đây của Tổng cục Thuế tại 122 DN FDI thuộc 23 địa phương trên cả nước, trong giai đoạn từ năm 2007 đến 2012, cho thấy nhiều DN hoạt động sản xuất kinh doanh có lãi nhưng đã kê khai lỗ, hoặc lợi nhuận rất thấp để trốn thuế. Sau đợt thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế, các DN này buộc phải điều chỉnh giảm lỗ phát sinh và giảm chuyển lỗ với tổng số tiền là 2.252 tỷ đồng.

Trong đó, giảm lỗ phát sinh 1.870 tỷ đồng, giảm số lỗ được chuyển vào kỳ tính thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra là 335 tỷ đồng. Tổng số tiền thu nhập chịu thuế của các DN sau thanh tra, kiểm tra đã tăng lên là 2.599 tỷ đồng, tổng số tiền bị buộc truy thu hơn 200 tỷ đồng. Đáng chú ý, kết quả kinh doanh những năm gần đây đối với 5.531 DN FDI cho thấy có 3.17 DN lỗ lũy kế nhiều năm liền nhưng đa số vẫn tiếp tục mở rộng sản xuất kinh doanh, tăng trưởng doanh thu.

Theo Báo cáo tổng hợp về tình hình và các kiến nghị của DN liên quan đến hoạt động của ngành thuế và hải quan do VCCI vừa mới tiến hành, kết quả bước đầu cho thấy, đa số các DN ghi nhận quá trình cải cách thủ tục hành chính của ngành thuế và hải quan trong thời gian qua đã có những cải tiến, tuy nhiên vẫn có một số DN cho rằng hồ sơ, thủ tục vẫn còn rườm rà, gây phiền hà, tốn kém cho DN và cần có lộ trình cải cách thủ tục hành chính cụ thể, để góp phần giảm bớt khó khăn cho DN, nhất là trong bối cảnh hiện nay khi mà khó khăn vẫn bủa vây DN từ nhiều phía.

Đề cập đến việc cần tiếp tục cải cách mạnh mẽ các thủ tục hành chính liên quan đến DN, đặc biệt là lĩnh vực thuế và hải quan, ông Đoàn Trọng Lý - Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Chăn nuôi chế biến và Xuất nhập khẩu Việt Nam, đề nghị: Trong công tác kê khai thuế hải quan, cần minh bạch hơn, cụ thể hóa hơn để các cơ sở hải quan áp dụng thực hiện kê khai cho đúng. Đồng thời, ông Lý cũng nêu thực tế đang xảy ra tại các cơ sở hải quan, đó là cán bộ hải quan ở cơ sở làm việc không đúng giờ gây khó khăn cho DN.

Còn ông Nguyễn Hồng Khoái - Phó Giám đốc Công ty TNHH Chuyên tư vấn về thuế, kế toán thì đề nghị: Bộ Tài chính (BTC) cần xem xét lại việc tạm nhập tái xuất. Ông Khoái cho rằng việc in hóa đơn và kê khai thuế qua mạng là vấn đề hành chính công. BTC nên cấp phép cho vấn đề này, nếu không sẽ có dư luận đây là sân sau của BTC, ngoài ra vấn đề này còn gây tốn kém.

Ông Khoái cũng cho rằng, Thông tư 66 làm DN khó hiểu, đề nghị xem lại, Thông tư 35 cũng gây khó khăn cho DN. Bà Nguyễn Thị Quyên - Công ty TNHH Panasonic Việt Nam cũng bày tỏ băn khoăn khi Nghị định 65/2013/NĐ-CP, điều 31, khoản 4 và điều 18 của Thông tư 111/2013 quy định, DN ký hợp đồng dịch vụ với nhà thầu nước ngoài phải gửi thông tin người lao động nước ngoài bao gồm thông tin về lương. Điều này trên thực tế gây bất cập và khó khăn cho DN vì đối tác nước ngoài không muốn tiết lộ, thông tin về lương được coi là thông tin bí mật.