Nội dung thanh tra gồm: Thanh tra trách nhiệm của Bộ Y tế và các đơn vị trực thuộc, liên quan trong việc thực hiện quy định về tự chủ theo các Nghị định 43/2006/NĐ-CP, Nghị định 16/2015/NĐ-CP của Chính phủ; việc quản lý đầu tư xây dựng 2 bệnh viện trọng điểm theo Đề án 125: Bệnh viện Nhi đồng TP Hồ Chí Minh, Bệnh viện 175 Bộ Quốc phòng. Phó Tổng Thanh tra Chính phủ Đặng Công Huẩn, Thứ trưởng Bộ Y tế Trương Quốc Cường cùng đại diện lãnh đạo bộ, thanh tra bộ và các thành viên đoàn thanh tra tham dự.
Theo quyết định số 2199/QĐ-TTCP ngày 31-8-2017 của Tổng Thanh tra Chính phủ (TTCP), đoàn thanh tra có 13 thành viên do ông Phan Thăng Long, Phó Vụ trưởng Vụ III- TTCP làm Trưởng đoàn. Thời gian thanh tra là 70 ngày làm việc thực tế kể từ ngày công bố quyết định. Đoàn Thanh tra có nhiệm vụ tiến hành thanh tra theo nội dung quy định và kế hoạch tiến hành thanh tra được phê duyệt.
Cũng theo Quyết định số 2266/QĐ-TTCP ngày 11-9-2017 của Tổng TTCP về việc thành lập Tổ giám sát Đoàn thanh tra theo Quyết định 2199/QĐ-TTCP do ông Ngô Khánh Luận, Trưởng phòng Nghiệp vụ III, Vụ Giám sát, thẩm định và xử lý sau thanh tra của TTTCP làm Tổ trưởng.
Phó tổng TTCP Đặng Công Huẩn nêu rõ mục đích, yêu cầu của cuộc thanh tra và yêu cầu Đoàn thanh tra triển khai đúng kế hoạch, có sự phân công, phân nhiệm vụ cụ thể cho từng thành viên của đoàn; thực hiện nghiêm túc quy chế của đoàn thanh tra cũng như các quy định khác của pháp luật về thanh tra.